ยูกันดาเจ้าภาพมหาวิทยาลัยที่เก่าแก่ที่สุดในภาคตะวันออกและภาคกลางของแอฟริกาซึ่งเป็นมหาวิทยาลัย Makerere มหาวิทยาลัยนี้ได้รับการศูนย์ความเป็นเลิศทางวิชาการเป็นเวลาหลายทศวรรษที่ผ่านมาไม่เพียง แต่สำหรับนักเรียนชาวอูกันดา แต่ยังนักเรียนคนอื่น ๆ ในภูมิภาค ยูกันดามีมากกว่า 30 มหาวิทยาลัยของรัฐ