มีการจัดการที่ดีของสถ​​าบันการศึกษาชั้นสูงทั่วคีร์กีซมี ซึ่งรวมถึงรอบสามสิบเจ็ดมหาวิทยาลัยของรัฐและมหาวิทยาลัยเอกชนที่สิบแปด มหาวิทยาลัยที่โดดเด่นในคีร์กีสถาน ได้แก่ มหาวิทยาลัยเอเชียกลางและคีร์กีซมหาวิทยาลัยแห่งชาติ